Nie ukrywam, że podzielałem jego wizję Kościoła; niestety, w Konferencji Episkopatu Życiński był w zdecydowanej mniejszości. Mówił o tym po jego śmierci arcybiskup Tadeusz Gocłowski (od 2008 roku emeryt): „Było nas chyba czterech czy sześciu biskupów, którzy się rozumieli w stu procentach we wszystkich dziedzinach. [On] Czasami miał takie zdanie, które wyzwalało u innych emocje”.
Co tu kryć, jego zalety o wiele lepiej dostrzegano – i umiano wykorzystać! – w Stolicy Apostolskiej aniżeli w Kościele hierarchicznym w Polsce. Nie jest już dziś tajemnicą, że – ku uciesze wielu ideowych przeciwników, którzy pragnęli się go z kraju pozbyć – brano pod uwagę jego kandydaturę na stanowisko przewodniczącego Papieskiej Rady ds. Kultury, co w przyszłości mogłoby oznaczać także i kapelusz kardynalski. Tymczasem polscy hierarchowie nie chcieli nawet, żeby Życiński reprezentował ich na Synodzie Biskupów w 2001 roku (poświęconym, nomen omen, misji biskupa w Kościele). Ale on i tak na ten Synod pojechał – na zaproszenie Jana Pawła II, który go tak bardzo cenił, że wymienił jego nazwisko w książce Wstańcie, chodźmy!. Dopiero po śmierci Arcybiskupa dowiedzieliśmy się o jego współpracy z papieżem Wojtyłą: na przykład przy okazji rehabilitacji Galileusza, listu do o. George’a Coyne’a na temat relacji łączących nauki przyrodnicze z teologią czy też ważnego przemówienia dotyczącego teorii ewolucji. Jestem również przekonany, że Ojciec Święty konsultował z nim niektóre fragmenty encykliki Fides et ratio; warto też pamiętać, że to właśnie Życiński wraz z dwoma innymi biskupami (kard. Varelą z Madrytu i abp. Nicholsem z Birmingham) został przez Papieża poproszony o prezentację adhortacji Ecclesia in Europa.Cenił go także Benedykt XVI, widząc w Józefie Życińskim sojusznika i obrońcę racjonalności wiary. Kard. Stanisław Dziwisz pamięta, że o Życińskiego zagadnął kiedyś kardynała Ratzingera Jan Paweł II. „To jest ktoś!” – miał powiedzieć ówczesny prefekt Kongregacji Nauki Wiary. I było w tej odpowiedzi, jak sądzę, coś więcej niż tylko uznanie dorobku wybitnego intelektualisty i rzutkiego biskupa. Moim zdaniem, Joseph Ratzinger dostrzegł w nim bratnią duszę: człowieka wiary uważającego rozum za najwspanialszy dar Stwórcy. Arcybiskup Życiński wykorzystywał ten dar – w służbie Bogu i Kościołowi – najlepiej jak potrafił: jako profesor filozofii, członek wielu międzynarodowych towarzystw naukowych (m.in. Rosyjskiej Akademii Nauk Przyrodniczych), juror Nagrody Templetona zwanej teologicznym Noblem, organizator odbywających się w Castel Gandolfo spotkań ludzi nauki z Papieżem, wreszcie publicysta, autor namiętnych filipik przeciwko postmodernizmowi. Ale on był jednak (począwszy od roku 1990) przede wszystkim biskupem. Miał wizję i potrafił wcielać ją w życie wszędzie tam, gdzie posyłał go…