W ostatnich latach pogląd ten został jednak podany w wątpliwość, a uznanie zyskuje nowa perspektywa ukazująca Kościół pierwszych wieków i naród żydowski jako w dużym stopniu splecione ze sobą na wielu płaszczyznach jeszcze przez kilka stuleci po śmierci Jezusa. Pogląd ten zyskuje dziś coraz większe poparcie wśród badaczy tak chrześcijańskich, jak i żydowskich.
Jednym z pierwszych uczonych, którzy zapoczątkowali zmianę w rozumieniu więzi łączących pierwotnie Kościół i judaizm, był Robin Scroggs. To, co pisał w 1986 r., było zwiastunem nurtu badań dziś określanego często jako badania nad „rozejściem się dróg” dwóch religii. Scroggs kreśli cztery główne wyznaczniki takiej analizy. Po pierwsze, ruch stworzony przez Jezusa, który rozwinął się w Palestynie po Jego śmierci, można najlepiej opisać jako ruch reformatorski w obrębie ówczesnego judaizmu. Prawie nie mamy dowodów na poparcie tezy, że chrześcijanie posiadali wtedy odrębną od Żydów tożsamość. Po drugie, ruch misyjny św. Pawła był w jego rozumieniu misją żydowską skierowaną do pogan – odpowiedniego adresata działań, które Bóg powierzył swojemu ludowi. Po trzecie, przed końcem wojny żydowsko-rzymskiej, czyli przed rokiem 70 n.e., nie istniało nic, co zwano by chrześcijaństwem. Uczniowie Jezusa nie określali siebie jako wyznawców religii, która miałaby być jakąkolwiek opozycją dla judaizmu. Tożsamość chrześcijańska zaczęła się kształtować dopiero po zakończeniu tej wojny i – po czwarte – wszystkie późniejsze fragmenty Nowego Testamentu wszystkie noszą znamiona dążenia do separacji, choć jednocześnie zachowują także łączność ze swoim żydowskim źródłem.
Wielu badaczy postanowiło pójść ścieżką wytyczoną przez Scroggsa. Biblista John Meier w trzecim tomie swojego wyczerpującego opracowania nowotestamentowego rozumienia postaci Jezusa przekonuje, że uważna analiza ksiąg Nowego Testamentu prowadzi do wniosku, iż Jezus przedstawiał siebie wspólnocie żydowskiej jako proroka mówiącego o czasach ostatecznych i cudotwórce działającego na podobieństwo Eliasza. Nie był jednak zainteresowany tworzeniem separatystycznej sekty ani „świętej reszty Izraela”, do czego dążyła np. wspólnota z Qumran. Jezus snuł raczej wizję stworzenia wspólnoty religijnej wewnątrz Izraela. Nie znajdziemy w nauczaniu ani w działalności Jezusa dowodów na to, że chciał On, by owa wspólnota przeszła proces oddzielenia się od Izraela na drodze misji wśród pogan, podczas której sama wspólnota w wielu aspektach upodobniła się do nauczanych narodów.
Później David Frankfurter dalej rozwinął tezę o istotnym powiązaniu chrześcijaństwa i judaizmu po śmierci Jezusa. Podkreślał, że między rożnymi grupami, wśród których byli też chrześcijanie i Żydzi, zachodziły „wzajemne wpływy utrzymujące się do późnej starożytności [i istniały] dowody na to, że grupy te nakładały się na siebie, co biorąc pod uwagę wszystkie okoliczności, osłabia tezę o istnieniu historycznie odrębnego chrześcijaństwa przed połową II w.”
Pojawia się oczywiście pytanie, dlaczego wspólnota żydowska zatraciła świadomość tych bliskich relacji z chrześcijanami z pierwszych wieków naszej ery, które teraz są na nowo odkrywane przez naukowców chrześcijańskich i żydowskich. Odpowiedzi należy szukać w głębokich przemianach, jakie przeszło chrześcijaństwo, co przenosi nas do III w. n.e. i później. Nawrócenie Konstantyna i początki tradycji antyżydowskiej w pismach starochrześcijańskich doprowadziły do znacznego przesunięcia w relacjach władzy między dwiema wspólnotami wiary, a to umacniało poczucie rozdzielenia naznaczone narastającą marginalizacją Żydów i społeczno-politycznym prześladowaniem. W obliczu zdominowanej przez Kościół coraz silniejszej integracji religijno-politycznej Żydzi skupili się na swoim przetrwaniu. Stali się także bardziej agresywni wobec chrześcijaństwa i jego nauk, włącznie z osobą samego Jezusa. To zaś częściowo tłumaczy niektóre negatywne słowa dotyczące Jezusa, jakie można znaleźć w Talmudzie (wrócę do tego wątku później). Chrześcijaństwo w oczach wielu Żydów i uczonych żydowskich przybrało kształt bałwochwalczej religii przez swój kult Jezusa. Ogólnie zapanowało wielkie milczenie w kwestii Jego osoby, od którego to milczenia wyjątkiem są pisma Józefa Flawiusza.
Później, kiedy przechodzimy do okresu średniowiecza, widzimy, że to wielkie milczenie wcale nie ustępuje. Nieliczne teksty żydowskie mają w znacznej mierze charakter defensywny i apologetyczny, zapewne dlatego że powstawały w społeczeństwach, w których chrześcijaństwo wywierało silną presję na wspólnotę żydowską. Bezbronni politycznie Żydzi, chcąc uniknąć sporów, nie koncentrowali się zbyt często na osobie Jezusa. Godna uwagi jest Toledot Jeszu („Historia Jezusa”), jedna z niewielu prac poruszających ten temat, która zyskała pewną popularność w średniowieczu. Napisany w późnej starożytności przy użyciu wcześniejszych źródeł ten wysoce polemiczny tekst przedstawiał Jezusa w dość ordynarny sposób, ukazując Go jako dziecko z nieprawego łoża, człowieka stosującego czary, będącego zasadniczo kaznodzieją odszczepieńcem, który za swojego życia odwiódł wielu Żydów od przestrzegania zasad Tory.
W tym czasie rozwinął się także zwyczaj publicznych dysput między chrześcijańskimi i żydowskimi przywódcami. Spotkania te były organizowane i kontrolowane przez Kościół, a strona żydowska nie mogła nie brać w nich udziału. W wystąpieniach, które przywódcy żydowscy przygotowywali z okazji tych przymusowych debat, musieli oni odnosić się do osoby i nauczania Jezusa. Dysputy osiągnęły szczyt popularności w XIII w., choć znane były też wcześniej. Do dobrze udokumentowanych dyskusji należą spotkania, które odbyły się w Paryżu w 1240 r. i w Barcelonie w r. 1263. Można w nich dostrzec przewidywalny wzorzec argumentacyjny wymierzony przeciwko poglądowi chrześcijan, jakoby pisma hebrajskie były niewystarczające. Strona żydowska podawała w wątpliwość znaczenie tekstów biblijnych, kiedy przedstawiciele chrześcijaństwa odnosili je do kluczowych elementów chrześcijaństwa, takich jak Wcielenie, Trójca i zbawienie przychodzące przez Chrystusa.
Podczas dyskusji żydowscy mówcy skupiali się szczególnie na podważeniu twierdzenia chrześcijan, że Żydzi przez odrzucenie Jezusa utracili prawo do zaliczania się do tych, z którymi Bóg zawarł przymierze. Jednak ich argumenty nie miały żadnych szans, żeby kogoś przekonać, ponieważ ostateczna ocena debaty leżała po stronie chrześcijańskich mówców. Żydzi unikali więc udziału w tych dysputach, kiedy tylko było to możliwe. Ich sytuacja nie była żadną zachętą do poważnego rozważania nauki Jezusa. Za cel stawiali sobie raczej ograniczanie negatywnego wpływu, jaki dominacja chrześcijańska w społeczeństwach Europy miała na sytuację Żydów. Dlatego też trudno dziś odnaleźć w pracach żydowskich uczonych tamtego okresu głębszy namysł nad osobą Jezusa i Jego przesłaniem.
Wraz z rozpoczęciem epoki politycznej emancypacji w Europie i Ameryce Północnej, również wśród Żydów, widzimy wyraźną zmianę w ich nastawieniu do Jezusa, przynajmniej w niektórych kręgach akademickich i intelektualnych. XVIII i XIX w. były początkiem bardziej konstruktywnego podejścia, ponieważ Żydzi nie musieli już tłumaczyć się ze swojego istnienia i brać udziału we wspomnianych dysputach. Powstanie ruchu Wissenshaft des Judentums (Studia judaistyczne) otworzyło nowe możliwości i zrobiło miejsce dla zupełnie nowego odczytania przez Żydów historii Jezusa. Dobre przyjęcie nowej metody historyczno-krytycznej przez niektórych żydowskich badaczy zaowocowało ich poczuciem rosnącej pewności siebie w kręgach akademickich, które nie były już tak bardzo zdominowane przez Kościoły chrześcijańskie jak we wcześniejszych stuleciach. Co więcej, wolni od obowiązku obrony judaizmu przed publicznymi atakami ze strony chrześcijan żydowscy uczeni mogli pozwolić sobie na mniej polemiczną argumentację i bardziej obiektywną ocenę Jezusa i Jego przesłania. Kolejny ważny czynnik, który wpłynął na zmianę kierunku w naukowym namyśle nad Jezusem, wypływał z nowo powstałego ruchu reformatorskiego, który objął w szczególności takie kraje jak Niemcy czy Stany Zjednoczone. Judaizm reformowany silnie podkreślał rolę tradycji prorockiej w tworzeniu żydowskiej tożsamości, etykę określając jako najważniejszy wymiar judaizmu i stawiając ją przed dogmatem. Kiedy więc pisarze żydowscy zwrócili większą uwagę na Jezusa, zaczęli widzieć w Nim jasny przykład moralnej tradycji judaizmu nakreślonej przez proroków. Był to początek procesu, który żydowski uczony Daniel Langton nazwał „żydowskim odzyskiwaniem Jezusa”. Większość żydowskich pisarzy, którzy zainteresowali się tematem Jezusa i Jego nauki – poczynając od końcowych dekad XIX w. po wiek…
