Wkrótce po ogłoszeniu deklaracji Nostra aetate powstały w Kościele struktury, których zadaniem miało być wcielanie w życie tez zawartych w tym dokumencie − zwłaszcza w jego punkcie czwartym, dotyczącym dialogu z judaizmem. I tak już w roku 1965 otwarto w Rzymie Międzynarodowe Centrum Informacji i Dokumentacji Żydów i Chrześcijan (SIDIC), zaś kilka miesięcy później (1966) w ramach watykańskiego Sekretariatu ds. Jedności Chrześcijan utworzono osobne Biuro ds. Stosunków Katolicko-Żydowskich. Jego organizatorom chodziło z jednej strony o podkreślenie szczególnego związku judaizmu z chrześcijaństwem (stąd umiejscowienie tego ciała w instytucji zajmującej się ekumenizmem), z drugiej strony natomiast − o przekonanie strony żydowskiej, iż celem Biura nie będzie nawracanie Żydów na chrześcijaństwo (stąd wyraźne zaznaczenie jego autonomii wobec Sekretariatu wspierającego wewnątrzchrześcijańskie dążenia do jedności). W roku 1974 Biuro to zostało przez Pawła VI przekształcone w Komisję ds. Kontaktów Religijnych z Judaizmem. Instytucji tej zawdzięczamy ważne dokumenty na temat dialogu z judaizmem: Wskazówki i sugestie w sprawie wprowadzania w życie deklaracji soborowej Nostra aetate nr 4 (1974), Żydzi i judaizm w głoszeniu słowa Bożego i katechezie Kościoła katolickiego. Wskazówki do właściwego przedstawiania tych zagadnień (1985), a także Pamiętamy. Refleksje nad Szoa (1998). Ten ostatni tekst opatrzony został listem Jana Pawła II, który ów dokument w pewnym sensie „autoryzował”. Tak jakby chciał powiedzieć, że pamięć o Zagładzie nie jest obowiązkiem tylko jednej z watykańskich dykasterii, ale całego Kościoła.

Pamiętamy. Refleksje nad Szoa to przejmujący rachunek sumienia wystawiony światu i Kościołowi za ich obojętność w obliczu Szoa, a także wezwanie do pokuty i przeciwdziałania złu: „Już nigdy nie można pozwolić, aby zatrute ziarna antyjudaizmu i antysemityzmu zakorzeniły się w jakimkolwiek ludzkim sercu”. „Złamać wiekowe stereotypy i skamieliny myślowe to duża zasługa – pisał o tym tekście polski intelektualista Jan Błoński. – Jeszcze większa przyznać się do własnej słabości czy winy. Stąd wdzięczność, że ta praca została − jeśli nie dokonana, to dobrze zapoczątkowana”. Wolno sądzić, że taki właśnie był zamiar tych, którzy powoływali do życia Komisję ds. Kontaktów Religijnych z Judaizmem: zapoczątkować w Kościele proces refleksji i nawrócenia. Proces, przyznajmy, niezwykle powolny, ale trwale zmieniający nauczanie Kościoła. I budzący sumienia coraz większej liczby katolików. Dokonywano tego poprzez dokumenty, sympozja, wspieranie oddolnych inicjatyw i działań. Dodajmy, iż jednym z owoców funkcjonowania Komisji było utworzenie analogicznych struktur przy krajowych konferencjach biskupich. Dzięki temu również w Polsce istnieje Komitet Episkopatu ds. Dialogu z Judaizmem. To z jego inicjatywy od kilkunastu już lat obchodzony jest w Polsce Dzień Judaizmu, a Konferencja Episkopatu wydała dwa niezwykle ważne listy pasterskie upowszechniające posoborowe nauczanie Kościoła na temat Żydów i judaizmu (1990; 2015). Dzieli je ćwierćwiecze, a kiedy czyta się je jeden po drugim, doskonale widać, co miał na myśli Jan Błoński, kiedy pisał o łamaniu myślowych skamielin. W pierwszym liście (ogłoszonym przed odkryciem prawdy o zbrodni w Jedwabnem) obok potępienia antysemityzmu, który jest „niezgodny z duchem Ewangelii (…) i pozostaje w całkowitej sprzeczności z chrześcijańską wizją godności człowieka”, mówi się jeszcze – jakby dla równowagi – o udziale Żydów w budowaniu w Polsce komunizmu oraz o…